Spatial Omics für eine umfassende Phänotypsierung bei kolorektalen Karzinomen Gruppe Zlobec, Williams Gruppe Williams wendet modernste räumliche Transkriptom-Methoden an, um die transkriptionelle Heterogenität von Subtypen zu charakterisieren und die biologischen Prozesse der epithelialen Identität bei Darmkrebs zu entschlüsseln. Gruppe Zlobec erstellt in Zusammenarbeit mit Lunaphore Technologies (Innosuisse) ein multidimensionales Proteinpanel, um die Tumorbildung und ihre Mikroumgebung unter nativen und behandelten Bedingungen zu untersuchen. Die Integration von Daten aus unterschiedlichen Modalitäten der Gruppe Williams Zlobec unter Verwendung von Patientenkollektiven und ngTMA® leifert eine hochdimensionale Multi-Omics-Perspektive des kolorektalen Karzinoms. Kolorektaler Krebs bei 20x Vergrösserung: a, Panck (rot) und Vimentin (grün); b, CD20 (rosa) und CD3 (gelb); c, E-Cadherin (grün) und CDX2 (rot).
Digitale Pathologie und KI sollen neue Erkenntnisse über Darmkrebs liefern Gruppe Zlobec Unser Sinergia-Projekt nutzt künstliche Intelligenz, um die Leistungsfähigkeit histologischer Bilder zu nutzen, um neue Einblicke in die Biologie des kolorektalen Karzinoms zu gewinnen und so die klinischen Ergebnisse zu verbessern. Wir untersuchen morphomolekulare Beziehungen, einschließlich der CMS-Klassifikation, und intratumorale Heterogenität, um neue interpretierbare und klinisch wichtige Merkmale zu lernen. Wir verwenden verschiedene computergestützte Methoden, darunter Graphen und Deep Learning, um die strukturellen und «Spatial» Muster an der Tumorinvasionsfront bei neoadjuvant behandelten Patienten zu bewerten. Darüber hinaus setzen wir räumliche Transkriptom- und Multiplex-Protein-Expressionsanalysen ein, um die Mikroumgebung des Tumors mit ihren komplexen stromalen Mustern und ihrem Immunkontext zu untersuchen. Zu den Mitarbeitern an diesem Projekt gehören M. Rodriguez (IBM Research), M. Anisimova (ZHAW), B. Snijder (ETH Zürich), A. Fischer (HES-SO & UniFribourg) und V. Koelzer (UniZürich). Epithelzellen- und Lymphozytengraphen bei kolorektalem Krebs.
Entwicklung von Tools für die computergestützte Diagnose Gruppe Zlobec Neben der explorativen Gewebeanalyse entwickelt, testet und validiert unser Team in-house, open-source und kommerziell verfügbare Algorithmen für den potenziellen diagnostischen Einsatz und die Integration in Arbeitsabläufe. Derzeit führen wir eine vergleichende Studie zu den Auswirkungen von Scannern und der Leistung verschiedener Software für die Ki-67-Erkennung und -Quantifizierung durch. Wir setzen Deep Learning-Methoden für die Segmentierung und Metastasenerkennung in Lymphknoten ein und optimieren Labor- und Datenanalyseprozesse, z. B. vom Scannen über die Erstellung von "Next-Generation Tissue Microarrays®" (www.ngtma.com) bis hin zur visuellen Darstellung der Ergebnisse und Analyse. Wir nutzen Graphen und geometrisches Deep Learning, um mehr über Tumorknospung und Lymphozyten zu erfahren. Mit dem International Budding Consortium entwickeln wir Algorithmen zur Erkennung von Hotspots und zur Quantifizierung von Tumorknospung in frühen pT1-Krebsstadien. Computergestützte Analyse von Darmkrebsmetastasen in Lymphknoten.
Computergestützte Diagnose für ein effizientes Lymphknoten-Screening bei Darmkrebspatienten, veröffentlicht in Modern Pathology Der Nachweis von Lymphknotenmetastasen bei kolorektalem Karzinom wurde in der Zeitschrift Modern Pathology veröffentlicht, der Doktorarbeit von Amjad Khan. Sie ist ein hervorragendes Beispiel für interdisziplinäre Forschungszusammenarbeit.
Neue Erkenntnisse über die Umgehung des Tumorimmunsystems in Science veröffentlicht Das Institut für Pathologie hat die EPFL bei der Arbeit über den FMRP-Mangel bei soliden Tumoren unterstützt, welche soeben in Science veröffentlicht wurde. Klicken Sie hier, um alles darüber zu lesen.
Dr. Hannah Williams schliesst sich unserer Gruppe an! Hannah kommt vom Beatson Institute for Cancer Research UK und vom Dana-Farber Cancer Institute zu uns, wo sie über umfangreiche Erfahrung in der Anwendung und Analyse räumlicher Modalitäten bei Krebs verfügt. Ihre Arbeit am Institut für Pathologie wird sich mit der Erforschung der epithelialen Heterogenität und Plastizität in soliden Tumoren befassen.
SITC 2022 Poster präsentiert von unserer Post-Doktorandin Cansaran S. Demir Fantastische Arbeit von Cansaran und dem Team, das ein 25+-Plex-Panel mit Lunaphore-Technologien zur Untersuchung der Tumorknospung bei Dickdarmkrebs erstellt: "Charakterisierung der Tumorknospung und der Tumormikroumgebung bei kolorektalem Krebs mittels Hyperplex-Immunfluoreszenz".
Graphen für die Entdeckung von Dickdarmkrebs In diesem Interview mit unserer Doktorandin Ana Leni Frei erfahren Sie, was Graphen sind und warum sie für die Darmkrebsforschung anhand von Histopathologiebildern verwendet werden können.
