Institut für Gewebemedizin und Pathologie

Core facilities

Translational Research Unit (TRU) Platform

Translational Research Unit (TRU) Platform

Das Team der Translational Research Unit (TRU). Bitte kontaktieren Sie uns unter tru.igmp@unibe.ch

TRU Forschungsplattform

Projekte

Die TRU ist eine Core Facility des Instituts für Pathologie der Universität Bern und bietet Forschern Zugang zu histologischen Dienstleistungen, Gewebevisualisierung, Scannen von Objektträgern, digitaler Bildanalyse und next-generation Tissue Microarrays (ngTMA®). Unser Team verarbeitet mehr als 800 Aufträge pro Jahr im Zusammenhang mit Patientengewebe, patientenbezogenen Daten, klinischen Studien und Tiermodellen. Unser Dienstleistungsportfolio erweitert sich jährlich um neue Technologien und Methoden. Unsere Kunden und Kollaborateure kommen aus lokalen, nationalen und internationalen akademischen Institutionen oder der Industrie.

Biobank

Unsere Biobank verarbeitet mehr als 5000 Gewebeproben pro Jahr. Die Biobank umfasst mehr als 37000 Gewebe Aliquots. Wir arbeiten gemäss dem Humanforschungsgesetz, unsere Arbeitsanweisungen sind in einem Dokumentenmanagement System und die Pathologie ist unter der ISO Norm (ISO 17025/15189) akkreditiert.

Histologie

Kompetenz in der Histologie ist die Grundlage unseres Labors. Wir prozessieren Gewebe und fertigen Schnitte an für weitere Anwendungen, wie konventionelle Färbungen, immunhistochemische Färbungen und in Situ Hybridisationen. Wir unterstützen auch beim Management klinischer Studien (SAKK, Genfit NASH, etc.)

Gewebevisualisierung

Unser Labor etabliert pro Jahr eine große Anzahl von Antikörpern in menschlichem und tierischem Gewebe. Wir validieren alle neuen Antikörper (kommerzielle und selbst hergestellte) in positiven und negativen Zelllinien. Unser Katalog umfasst inzwischen mehr als 800 Antikörper. Wir führen Einzel- und Doppel-Immunfärbungen, Einzel- und Doppel-mRNA-in-situ-Hybridisierung (RNAScope®), TUNEL, Multiplex-Immunfluoreszenz (OPAL und Ultivue) und Färbungen von Zellen in Chamber Slides durch. Wir erstellen Protokolle für Forschende und sind immer bereit, mit neuen Methoden zu experimentieren.

Schnitte Scannen und Zugriff auf Scans

Wir bieten das Scannen von Objektträgern für Forschende an, welche daran interessiert sind Objektträger zu archivieren, digitale Bildanalysen durchzuführen, next-generation Tissue Microarrays (ngTMA®) vorzubereiten oder qualitativ hochwertige Bilder zu veröffentlichen. Die Scans können in eine Image Management Software hochgeladen werden, welche für externe Mitarbeiter zugänglich sind. Zu diesem Zweck verwenden wir einen von drei hausinternen Scannern.

Digital Image Analysis (DIA)

TRU führt die DIA an Vollschnitten und Tissue-Mikroarrays durch und verwendet dabei hauseigene Programme (Scorenado), Open-Source-Software (QuPath) und Indica labs Halo. Beispiele hierfür sind Tumor-Lymphozyten-Proximity-Studien, die Quantifizierung von Brustkrebs-Biomarker-Panels und die Annotation von Vollschnitten oder Tissue-Mikroarray-Spots. Unser Team für computergestützte Pathologie setzt maschinelles Lernen und Deep Learning ein, um klinisch relevante Fragen mit direkten Auswirkungen auf die diagnostische Routine zu beantworten.

Next-generation Tissue Microarrays

Wir konstruieren Tissue-Mikroarrays auf der Grundlage digital annotierter Scans. Dies ermöglicht den Forschenden die wichtigsten Regionen innerhalb ihres Gewebes für ihre nachfolgenden Analysen zu erfassen. Wir nennen unser Vorgehen next-generation Tissue Microarrays (ngTMA®). Seit 2012 hat unser Labor fast 1000 ngTMA-Blöcke für Studien im Zusammenhang mit Präzisionsmedizin, Tumorheterogenität, seltenen Krankheiten, Tiermodellen und der Etablierung neuer Gewebevisualisierungstechniken (z.B. CODEX und OPAL) hergestellt. Wir haben Bilder von mehr als 1 Million Gewebespots gesammelt, die mehreren tausend Patienten mit annotierten klinisch-pathologischen Daten entsprechen, die nun mit künstlicher Intelligenz erforscht werden können.

COMPATH

Unser Fachwissen kann auch auf tierisches Gewebe angewendet werden, von der Histologie bis zur Visualisierung, einschliesslich der digitalen Pathologie, der Bildanalyse und der ngTMA-Konstruktion. Gemeinsam mit dem Institut für Tierpathologie freuen wir uns über Kollaborationen in den Bereichen Morphologie und Histopathologie.