Forschungsprojekte

Gruppe Lugli Unsere Gruppe arbeitet aktuell an der Implementierung des bioptisch basierten IBD-DCA-Score, um die Prognose der Krankheitsentwicklung und die Vorhersage des Therapieerfolgs bei Patienten mit chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (IBD) zu unterstützen. Parallel dazu entwickeln wir in Kollaboration mit dem Institut für Pathologie am St Vincent’s University Hospital in Dublin einen AI-Algorithmus, der das Scoring automatisiert.

Schematischer Überblick über die Gewebe basierten Informationen. Diese unterstützen die Behandlungsstrategie bei asymptomatischen Patienten, bei welchen m Rahmen der Darmkrebsvorsorge eine chronisch-entzündliche Darmerkrankung diagnostiziert wurde.

Gruppe Krebs Die Mechanismen, die bei einigen COVID-19-Patienten zu einer schweren entzündlichen Lungenerkrankung führen, sind unbekannt. In diesem Projekt wollen wir die Zellen in der Lungenlavage dieser Patienten analysieren und diese Ergebnisse mit denen von Kollegen vergleichen, die an einem Mausmodell von COVID-19 arbeiten. Wir hoffen, so Angriffspunkte für eine COVID-19-Therapie zu finden.

Grafische Zusammenfassung des Projektes

Gruppe Freigang Natural Killer T (NKT) Zellen sind CD1d-restringierte T Zellen mit starken immun-regulatorischen Funktionen, welche körpereigene und mikrobielle Glykolipide erkennen. Obwohl die Wirksamkeit von NKT-Zellagonisten derzeit in der Immuntherapie von Infektionskrankheiten und Krebs untersucht wird, sind die Mechanismen, welche die CD1d-Antigenpräsentation und die Aktivierung der NKT Zellen in vivo regulieren, nur unvollständig verstanden. Dieses Projekt charakterisiert Mechanismen, über die die CD1d-Antigenpräsentation mit dem Lipidstoffwechsel verknüpft sind, und untersucht essentielle Effektorfunktionen der NKT-Zellen im Rahmen von mikrobiellen Infektionen.

Gruppe Freigang Atherosklerose-bedingte Erkrankungen verbleiben die weltweit häufigste Todesursache, und chronische Entzündungen sind ein wichtiger fördernder Faktor für das Fortschreiten der Krankheit. Erste klinische Studien haben die positive Wirkung entzündungshemmender Therapien bei Patienten mit Herz-Kreislauf-Erkrankungen gezeigt. Um wirksamere Behandlungsstrategien zu entwickeln, ist ein besseres Verständnis der molekularen Mechanismen der Gefäßentzündung erforderlich. In diesem Projekt untersuchen wir, wie die Dyslipidämie - und daraus resultierende Störungen des Lipidstoffwechsels in Immunzellen - physiologische Immunreaktionen beeinflussen und zur vaskulären Immunpathologie bei Atherosklerose beitragen.

Präparate der Mausaorta. Die durch eine Fettdiät verursachten arteriosklerotischen Läsionen wurden mittels Ölrot O-Färbung sichtbar gemacht

Gruppe Freigang Invasive Pilzinfektionen sind durch hohe Sterblichkeitsraten und begrenzte Therapieoptionen gekennzeichnet. Wir haben den IL-1-Rezeptor-Antagonisten (IL-1Ra) als einen Immun-Checkpoint des angeborenen Immunsystems identifiziert, der die invasive Ausbreitung von Pilzpathogenen fördert. Wir fanden, dass die therapeutische Neutralisierung des IL-1Ra vor einer tödlichen Candida-Sepsis schützt, während eine Interferon-vermittelte Verstärkung der IL-1Ra-Ausschüttung die Pilzerkrankung verschlimmert. Dieses Projekt erforscht IL-1/IFN I-Crosstalk-Mechanismen, wie z.B. IL-1Ra, als potenzielle Biomarker und therapeutische Ziele bei Infektionen.

Immunfluoreszenzfärbung einer infizierten Mausniere. Die Ausbreitung des Pilzes Candida albicans im Gewebe wurde durch Anfärben der Pilzzellwand sichtbar gemacht.

Gruppe Krebs Entzündung trägt massgeblich zur Krebsentstehung bei. Wir konnten zeigen, dass IL-33-Signalwege für die Entwicklung von myeloproliferativen Neoplasmen (MPN), einer Art von Blutkrebs, wichtig sind und auch Dickdarmkrebs fördern (Mager, J Clin Invest, 2015; Mertz, OncoImmunology, 2015; Pastille, Mucosal Immunol, 2019; Yeoh & Vu, Cytokine, 2022). Derzeit untersuchen wir den Beitrag von IL-33 zur MPN Progression, sowie die zellulären und molekularen Mechanismen, die zum IL-33 abhängigen Dickdarmkrebs und chronischer Lungenentzündung führen. Für diese Studien verwenden wir Patientengewebe und Mausmodelle.

Erhöhte Expression von IL-33 im Knochenmark von MPN Patienten. IL-33: braun; CD34 (Endothelzellen): rot

Gruppe Krebs Bei Darmerkrankungen wird die Darmbarriere oft gestört, was zu einer Durchlässigkeit des Darms oder der Darmwand führt. Wir haben bereits gezeigt, dass das Protein ESRP1, ein Regulator des mRNA-Spleissens in Epithelzellen, eine kritische Funktion zur Aufrechterhaltung der Integrität der Darmbarriere aufweist (Mager et al., eLife, 2017). In diesem Projekt untersuchen wir weiter, wie der Verlust oder die Reduktion von ESRP1 zur intestinalen Homöostase und Pathogenese, einschliesslich chronisch-entzündlicher Darmerkrankungen und Darmkrebs, führt.

Bakterien (weisse Pfeile) durchdringen die undichte Darmbarriere von Esrp1-Mutantenmäusen. Massstabsbalken: 100 μm (aus Mager et al., eLife, 2017)

Gruppe Krebs Unser Immunsystem besteht zum einen aus der angeborenen Immunität, welche eine erste Verteidigungslinie darstellt und zum anderen aus der erworbenen Immunität, die zu einem späteren Zeitpunkt aktiviert wird und für das immunologische Gedächtnis verantwortlich ist. 
In diesem Projekt verwenden wir verschiedene Mausmodelle, um die Rolle spezifischer Gene bei der Regulierung dieser Subtypen von Immunzellen besser zu verstehen und um herauszufinden, wie ein Ungleichgewicht in diesem Prozess zu Immunpathologie in verschiedenen Krankheitskontexten führen kann, einschliesslich Infektionen mit Krankheitserregern (Cardoso Alves, EMBO Reports, 2020).

Veränderungen in der Zusammensetzung und im transkriptomischen Profil des Immuninfiltrats in der Lunge von Mäusen mit einem Immundefekt. A. Immunzellen wurden aus der Lunge gesunder und kranker Mäuse isoliert und mittels Durchflusszytometrie analysiert. Eine tSNE-Darstellung dieser Analyse ist gezeigt. B. Lungenlymphozyten mittels Einzelzell-RNA-Sequenzierung analysiert.

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Gruppe Lugli Immuncheckpoint-Inhibitoren werden vermehrt in der adjuvanten Therapie von lokal fortgeschrittenen, neoadjuvant behandelten Adenokarzinomen des Ösophagus eingesetzt. Verlässliche prädiktive Biomarker sind essentiell um diejenige Patientenpopulation zu identifizieren, welche ein signifikantes Ansprechen auf Immuncheckpoint-Inhibitoren zeigt. Wir untersuchen an humanen Tumorproben das Transkriptom, Methylom und das immunhistochemische Expressionsprofil von immunmodulatorischen Molekülen.  Ziel ist die Identifikation von Schlüsselmolekülen, welche des Therapienansprechen beinflussen könnten.  Zusätzlich wird der Einflusses der neoadjuvante Therapie auf diese immunmodulatorischen Moleküle untersucht.  

Identifikation von unterschiedlich exprimierten Genen in Adenokarzinomen des Ösophagus in Abhängikeit vom PD-L1 Status

Gruppe Vassella Anhand einer gepaarten Kohorte guter TMZ-Responder (Rezidivintervall >1 Jahr) konnten wir 13 miRNAs identifizieren, welche im Glioblastom-Rezidiv dysreguliert sind. Es wird angenommen, dass solche miRNA-Hubs synergistisch auf wichtige Resistenzwege einschließlich des Wnt- und TGF-β-Signalwegs führen. In dieser Studie wurde die bisher größte miRNA-Kohorte zusammengestellt. Wir untersuchen derzeit das Expressionsprofil solcher miRNA-Regulationszentren in Patienten mit kurzen Rückfallintervallen und schlechtem Therapieansprechen mit dem Ziel, miRNAs mit prognostischem und prädiktivem Wert zu identifizieren. Unsere etablierten Glioblastom-Stammzellmodelle werden genutzt, um zu untersuchen, ob diese dynamischen miRNA-Netzwerke das kurz- und langfristige Ansprechen auf die Therapie beeinflussen. Durch die gezielte Beeinflussung dieser Netzwerke wollen wir Glioblastom-Stammzellen in vitro und in vivo das Ansprechen auf TMZ beeinflussen um den Weg miRNA-basierter Therapien zur Überwindung der Resistenz ebnen. Diese Arbeit wird von der Krebsliga Bern und der Stiftung Für Klinisch-Experimentelle Tumorforschung SKET (an E. Kashani) unterstützt.

Gruppe Perren Die Entstehung von Therapieresistenz ist ein ungelöstes Problem, das die Wirkung aller derzeitigen Krebsbehandlungen vermindert und Ursache für ca. 90% der Krebsmortalität ist. Aufgrund der Zufälligkeit der Resistenz-verursachenden Mutationen können Metastasen im Patienten verschiedene Resistenzmechanismen entwickeln, die eine komplizierte individualisierte Behandlung nötig macht. Dieses Projekt hat zum Ziel, Drug-tolerante Persister Zellen (DTPs) zu bekämpfen, die im frühen, reversiblen Stadium der Resistenz-Entwicklung auftreten. RNA Sequenzierung und Mikroskopie-basierende Molekular- und Phenotyp Analysen von 2D und 3D Modellen von PanNET werden die frühen, dynamischen Veränderungen und deren therapeutisches Potential während der Resistenz Entwicklung bestimmen.

(A) DTPs sind ein dynamisches Vorstadium der Therapie Resistenz. (B) Zeitraffer Fluoreszenz Mikroskopie von PanNET zeigt Therapie-verursachten Zelltod sensitiver Zellen und Erscheinen von DTPs. Phänotypische und molekulare Analyse mit Einzelzellpräzision leiten die Identifizierung von Inhibitoren gegen DTPs.

Gruppe Schenk Die immunologische Mikroumgebung des duktalen Adenokarzinoms der Bauchspeicheldrüse (PDAC) ist vielfältig und umfasst verschiedene Zelltypen, die die Tumorimmunität, das Fortschreiten der Krankheit sowie das Ansprechen auf Therapien entweder verstärken oder abschwächen können. Daher ist es wichtig, die immunologische Landschaft in menschlichem PDAC-Gewebe zu untersuchen und die Korrelation zwischen verschiedenen Zelluntergruppen und immunsuppressiven Faktoren mit dem Überleben der Patienten und anderen klinischen Parametern zu integrieren. Mit einem neuartigen Ansatz der räumlich aufgelösten Multiplex-Immunhistochemie wollen wir die Phänotypen der tumorinfiltrierenden Immunsubpopulationen im Detail aufklären und mit transkriptomischen und genomischen Daten integrieren, um die mechanistische und prognostische Bedeutung bestimmter Immunmarker bei PDAC zu entschlüsseln.

25-Plex-Bild der bildgebenden Massenzytometrie eines menschlichen PDAC-Gewebeschnitts. Übersicht (oben), Zoom (unten)

Gruppe Lugli Das Hauptziel der GI Gewebemedizin Forschungsgruppe beim Tumor Budding beim kolorektalen Karzinom beinhaltet folgende Fragestellung: Können bei den Tumor Buds Zielmoleküle identifiziert werden, welche es erlauben, eine Anti-Budding Therapie (ABT) zu entwickeln ? Folgende klinische Szenarien werden untersucht: Management von pT1 CRC, Stadium II CRC, Rektumkarzinom (präoperativ) und kolorektale Lebermetastasen. Unsere Forschungsgruppe ist zudem wichtiges Mitglied des IBC (International Budding Consortium). 

pT1 kolorektales Karzinom mit high grade budding (H&E Färbung)

Gruppe Perren Wir konzentrieren uns auf das Verständnis epigenetischer Veränderungen bei PanNET und deren Auswirkungen auf das Fortschreiten und die Bildung von Metastasen. Auf der Grundlage der DNA-Methylierung identifizierten wir Untergruppen von PanNETs mit spezifischen Ursprungszellen, genetischem Hintergrund und klinischem Verlauf. Durch die Integration von epigenetischen und transkriptomischen Profilen konnten wir feststellen, dass die Dedifferenzierung von Zellen und metabolische Veränderungen das Fortschreiten von kleinen PanNETs zu fortgeschrittenen PanNETs charakterisieren. Derzeit untersuchen wir die räumliche und zeitliche Heterogenität von PanNET mit Hilfe von Multi-Omic-Ansätzen.

Grafische Darstellung des PanNET-Verlaufs

Gruppe Perren Bislang ist keine Therapievorhersage für PanNET-Patienten auf der Grundlage eines spezifischen molekularen Profils möglich. Wir haben vor kurzem von Patienten abgeleitete Tumoroid-Kulturen von PanNEN-Patienten angelegt, die Merkmale des ursprünglichen Tumorgewebes aufweisen und für In-vitro-Wirkstoffscreenings verwendet werden können. Wir haben gezeigt, dass PanNEN-Tumoroide nützlich sind, um das Ansprechen der Patienten auf die Therapie vorherzusagen, und wir haben neue epigenetische Behandlungsmöglichkeiten identifiziert. Kürzlich haben wir PanNEN-Tumore in Zebrafisch-Embryonen transplantiert, um sie in der Präzisionsmedizin weiter zu nutzen

Präzisionsmedizin für PanNEN-Patienten. PanNEN-Tumoroide in Kultur, H&E-Färbung und Synaptophysin-Färbung von eingebetteten Tumoroiden (Mitte). Zebrafisch-Xenotransplantation, rot: Tumorzellen, grün: Endothelzellen.

Gruppe Perren Kritische Stofwechselveränderungen sind frühe Merkmale der Krebsentstehung. Neue epigenetische, mRNA- und Protein-basierenden Daten lassen vermuten, dass PanNET Zellen während der Tumorentwicklung ausgedehnte metabolische Veränderungen untergehen. Die Art und funktionellen Auswirkungen sowie das therapeutische Potential des veränderten PanNET Stoffwechsels sind jedoch bis heute weitestgehend unbekannt. Unsere multimodale und integrative Analyse von PanNET Zellen und Gewebeproben der verschiedenen Tumorstadien mit Hilfe moderner Massenspektroskopie, Fluoreszenzmikroskopie und RNA Sequenzierung werden die metabolischen Veränderungen bestimmen und neue Therapien gegen diese testen.

(A) Gewebemassenspektroskopie identifiziert fünf metabolische PanNET Subtypen. (B) Immunhistochemie und (C) Fluoreszenzmikroskopie zeigen metabolische Heterogenität.

Gruppe Tschan Wir haben nicht-glykolytische Funktionen der Hexokinase HK3 identifiziert, die das Überleben Akuter Myeloischer Leukämie (AML) Zellen fördert. Eine erhöhte HK3-Expression ist mit myeloischen Onkogenen, wie dem MLL/KMT2A-Rearrangement, assoziiert und korreliert mit einer schlechten Überlebensprognose. Zudem führt eine verstärkte HK3-Expression zu einer verminderten Ansprechrate auf den BCL2-Antagonisten Venetoclax. Wir vermuten, dass HK3 die Therapieantwort durch Interaktionen mit BCL2-Proteinen und seine subzelluläre Lokalisation negativ beeinflusst.

Nukleäres HK3 Protein in myeloischen Zellen und Expression in Darm-Makrophagen

Gruppe Tschan Obwohl die Akute Promyelozytische Leukämie (APL) effektiv mit all-trans-Retinsäure (ATRA) und Chemotherapie behandelt wird, profitieren andere AML-Subtypen nicht davon. Unsere Daten zeigen eine entscheidende Rolle nicht-kanonischer Autophagie während der ATRA-Therapie. Wir fanden eine reduzierte Expression des nicht-kanonischen Autophagie-Gens ATG16L2, jedoch nicht des kanonischen ATG16L1, in APL. Das Ausschalten von ATG16L2 schwächt die Differenzierung. Wir schlagen vor, dass die ATRA-induzierte Differenzierung bei APL selektiven Abbau zellulärer Bestandteile über einen ATG16L1-unabhängigen Mechanismus erfordert.

Transmissionselektronenmikroskopie von NB4-APL-Zellen nach ATRA-Behandlung

Gruppe Tschan Wir entdeckten, dass das Ausschalten der onkogenen DMTF1β-Isoform die Migration und Invasion von Prostata- und Brustkrebszellen verringert. Interessanterweise ging dies einer Verminderung von Autophagie-assoziierten Signalwegen und des autophagischen Fluxes einher. Wir konnten das Autophagie-Protein ULK1 als einen neuen Interaktionspartner von DMTF1β identifizieren, wobei DMTF1β die ULK1 Proteinsstabilität förderte. Darüber hinaus entdeckten wir, dass DMTF1β ein kurzlebiges Protein ist, das in einer β-Domäne-spezifischen Weise polyubiquitiniert wird, was zu einem proteasomalen Abbau führt.

Die β-spezifische Domäne von DMTF1β ist mit Polyubiquitinierung assoziiert

Gruppe Schenk Unsere Forschungsgruppe setzt modernste Methoden ein, um zelluläre Mechanismen und molekulare Marker bei atopischer Dermatitis (AD) aufzudecken und innovative therapeutische Targets und Biomarker zu identifizieren. Wir untersuchen erwachsene und pädiatrische AD-Kohorten mit Fokus auf Interaktionen zwischen angeborener und adaptiver Immunität, trainierter Immunität und immunregulatorischen Signalwegen. Protein Analysen haben Moleküle identifiziert, die Entzündungen modulieren und potenzielle therapeutische Strategien offenbaren. Mittels CITE-seq, CyTOF, Imaging Mass Cytometry (IMC) und räumlicher Transkriptomik untersuchen wir Immunzell-Subpopulationen und Markerexpression in Blut und Hautläsionen und gewinnen umfassende Einblicke in Immunodynamiken. Potenzielle therapeutische Targets werden in murinen AD-Modellen validiert. Zusätzlich erforschen wir die Rolle des Hautmikrobioms bei AD, um dessen Einfluss auf Immunreaktionen und Krankheitsverläufe zu verstehen.

28-Plex IMC Bild, das strukturelle Merkmale, Immunphänotypen und Aktivierungsmarker in gesunder Haut (oben) und bei AD (unten) zeigt

Gruppe Schenk Die Induktion einer effektiven, adaptiven antitumor Antwort beruht hauptsächlich auf der Präsentation von Tumorantigenen und der Stimulation von CTL durch DC. Trotz umfangreicher Forschungsarbeiten sind der Phänotyp und die Funktion Tumor-infiltrierender DC, sowie der Mechanismus der Kreuzpräsentation von Tumorantigenen unklar. Wir untersuchen deshalb Tumor-infiltrierende DC und versuchen diese in vitro und in vivo neu zu programmieren, sodass sie Tumor-Antigene präsentieren und eine CTL-vermittelte adaptive Immunantwort gegen Melanome induzieren können.

Gruppe Vassella Zum Nachweis von Temozolomid-Resistenzgenen haben wir CRISPR/CAS-Interferenzbibliotheken gescreent und SMG1 identifiziert, das an einem evolutionär konservierten RNA-Qualitätskontrollweg beteiligt ist - dem Nonsense-mediated mRNA decay (NMD). Die Funktion von NMD ist, Transkripte zu unterdrücken, welche prämature Stoppcodons enthalten. NMD kann zudem DNA-Reparatur-Prozesse in der Zelle beeinflussen und auf diese Weise die Zelle vor DNA-Schädigung, ausgelöst durch eine Behandlung mit Temozolomid, schützen. Tunkierende Proteine werden vermehrt durch eine SMG1 Attenuation exprimiert; diese sind in der Regel sehr immunogen.  Wir untersuchen, ob eine Tumorentzündung in Glioblastom-Rezidiven durch die Hemmung des NMD Pathways auslöst werden kann. Dieses Projekt könnte klinisch relevant sein, da eine Hemmung des NMD Pathways das Ansprechen auf die Behandlung mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren verbessern könnte. Diese Arbeit wird derzeit von der Krebsliga Schweiz unterstützt.

Heat map Analyse von Glioblastom-Rezidive

Gruppe Vassella Das Glioblastom ist der häufigste und aggressivste primäre Hirntumor im Erwachsenenalter. Wir haben in einem Screeningverfahren microRNAs nachgewiesen, die in Glioblastomzellen eine erhöhte Resistenz gegenüber Temozolomid, eines alkylierenden Agens, welches für die Therapie dieser Tumore eingesetzt wird, vermitteln. Mithilfe dieses Screenings konnten wir zeigen, dass miR-19b und sein direktes Zielgen PPP2R5E, eine regulatorische Untereinheit der Serin-Threonin Phosphatase PP2A, als wichtiger Regulator in der Resistenzentwicklung beim Glioblastom wirken. Der Mechanismus des verbesserten Ansprechens auf diese Therapie, ausgelöst durch eine Blockade dieser microRNA, konnte durch eine verstärkte DNA-Schädigung erklärt werden; diese wurde durch eine erhöhte ROS-Produktion im Zellkern ausgelöst. Dies führte letztlich zu einer erhöhten ROS-vermittelten Seneszenz und Ferroptose. Dieses Projekt wurde vom Schweizerischen Nationalfonds unterstützt.

Screens von MikroRNAs in Glioblastoma Zelllinien, welche Proliferation induzieren oder Temozolomid-Resistenz vermitteln

Gruppe Zlobec, Williams Die extrazelluläre Matrix (ECM, auch Matrisom genannt) ist Teil des Tumor-Ökosystems, aber hinsichtlich ihres Beitrags zur Tumorbiologie noch nicht ausreichend erforscht. Die Williams-Gruppe setzt räumlich abgebildete Multi-Matrisomics (Transcriptomics, Proteomics und digitale Bildanalyse) in 2D und 3D ein, um die strukturellen und biochemischen Komponenten des Matrisoms eingehend zu charakterisieren und den Zusammenhang zwischen diesen und dem Gesundheitszustand der Patienten zu untersuchen.

Multimodale Auswertung der extrazellulären Matrix in soliden Tumoren. Oben: Maximalintensitätsprojektion von Kollagen unter Verwendung der 3D-Open-Top- light sheet Mikroskopie. Mitte: Räumlich abgebildete RNA-Analyse von «Tumor Budding». Unten: digitale Bildanalyse von fibrillären Strukturen, extrahiert aus H&E-Bildern

Gruppe Zlobec, Williams Neben der explorativen Analyse von Gewebe entwickelt, testet und validiert unser Team interne, frei und kommerziell verfügbare Algorithmen für den potenziellen Einsatz in der Diagnostik und der Integration in Arbeitsabläufe. Wir entwickeln einen Algorithmus mit modernsten Deep-Learning-Methoden für die Krebstyp-unabhängige Erkennung von Lymphknotenmetastasen. Darüber hinaus optimieren wir dann die Prozesse vom Labor bis zur Datenanalyse, über Visualisierung der Ergebnisse bis hin zur Interaktion unserer Algorithmen mit Patholog*innen und deren Bewertungen und Feedback. Mithilfe des Text-basierten Feedbacks der Patholog*innen und den etablierten Bild-basierten können dann wiederum Vision-Language Deep-Learning Modelle trainiert werden, die von diesem Feedback lernen. Unser Ziel ist es MetAssist weiter zu verbessern, sodass es als präzises Screening-Tool zur Unterstützung von Patholog*innen in der Diagnostik verwendet werden kann. Gemeinsam mit unseren erfahrenen Patholog*innen arbeiten wir an verschiedensten Algorithmen, darunter für PD-L1 (Tereza Losmanova), H. Pylori (Bastian Dislich), CED-Beurteilung (Aart Mookhoek), Tumor Budding – CD8 Auswertung (Heather Dawson) und für Biomarker in Brust (Wiebke Solass) und Pancreas Pathologien (Martin Wartenberg).

Computergestützte Analyse von Darmkrebsmetastasen in Lymphknoten

Gruppe Zlobec, Williams Unser Sinergia-Projekt nutzt KI, um neue Einblicke in die Biologie kolorektaler Karzinome zu gewinnen.  Wir untersuchen morphomolekulare Beziehungen, einschließlich molekularer Subtypen, und intratumorale Heterogenität, um neue interpretierbare und klinisch wichtige Merkmale aus histopathologischen Bildern zu lernen. Wir verwenden verschiedene computergestützte Methoden, darunter Graphen und Deep Learning, um die strukturellen und räumlichen Muster an der Tumorinvasionsfront bei neoadjuvant behandelten Patienten zu bewerten. Wir haben unseren Bereich auf das Verständnis von Transkriptions-Subtypen erweitert, indem wir räumliche Transkriptom- und räumliche Proteinexpressionsanalysen verwenden. Die Mikroumgebung des Tumors mit ihren komplexen stromalen Mustern und dem Immunkontext sind wichtige Schwerpunktthemen. Zu den Mitarbeitern an diesem Projekt gehören M. Rodriguez (IBM Research), M. Anisimova (ZHAW), B. Snijder (ETH Zürich), A. Fischer (HES-SO & UniFribourg) und V. Koelzer (UniZürich).

Epithelzellen- und Lymphozytengraphen bei kolorektalem Krebs